Do kosztów można zaliczyć tylko faktycznie wypłaconą cześć wynagrodzenia

Wynagrodzenie pracownika bez względu na to, czy jest wypłacane raz w miesiącu czy też kilka razy, np. w formie zaliczek na poczet wynagrodzenia, stanowi przychód ze stosunku pracy. Tak wynika z art. 12 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, w myśl którego za przychody ze stosunku pracy uważa się m.in. wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne. Przychód ten powstaje dwuetapowo: po raz pierwszy w dacie wypłaty zaliczki na poczet wynagrodzenia (lub postawienia jej do dyspozycji pracownika), a po raz drugi w dacie wypłaty pozostałej części wynagrodzenia (lub postawienia jej do dyspozycji pracownika).

Wypłacając pracownikowi zaliczkę na poczet wynagrodzenia, a potem pozostałą część pensji za dany miesiąc, składki ubezpieczeniowe oraz zaliczkę na podatek należy ustalić od łącznej kwoty tych wypłat.

Każda wypłata wynagrodzenia pracownikowi, także zaliczkowa, niesie jednak za sobą obowiązek obliczenia i pobrania zaliczki na podatek dochodowy. Pracodawca od kwoty przychodu ze stosunku pracy obowiązany jest odliczyć koszty uzyskania przychodów oraz potrącone przez siebie w danym miesiącu składki na ubezpieczenia społeczne. Ustalony w ten sposób dochód jest podstawą obliczenia zaliczki na podatek dochodowy według 18% stawki podatku. Następnie zaliczkę na podatek zmniejsza się o kwotę zmniejszającą podatek (o ile płatnik posiada oświadczenie PIT-2 złożone przez pracownika) oraz o składkę na ubezpieczenie zdrowotne pobraną w tym miesiącu przez pracodawcę ze środków pracownika (zmniejszenie to nie może przekroczyć 7,75% podstawy wymiaru tej składki).

Uzyskanym w danym miesiącu przychodom z tytułu jednego stosunku pracy odpowiadają jedne koszty uzyskania przychodu. Zatem w razie wypłaty w danym miesiącu zaliczki na poczet wynagrodzenia oraz pozostałej części tego wynagrodzenia pracodawca ma obowiązek zastosować tylko jedne koszty uzyskania przychodów. Podobnie jest z kwotą zmniejszającą podatek. Rozliczenia za dany miesiąc dokonuje się narastająco, to w ostatecznym wyliczeniu zaliczki na podatek z tytułu obu wypłat dokonanych w jednym miesiącu widać, że stanowi ono pewnego rodzaju korektę wcześniejszych rozliczeń i że koszty uzyskania przychodów oraz kwota zmniejszająca podatek uwzględniane są w pojedynczej wysokości.

Ujęcia zaliczki na wynagrodzenie w kosztach podatkowych należy dokonywać na zasadach określonych w art. 22 ust. 6ba ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Wynagrodzenia pracownicze stanowią koszty uzyskania przychodów w miesiącu, za który są należne, pod warunkiem, że zostały wypłacone lub postawione do dyspozycji w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony. Natomiast w razie uchybienia temu terminowi, wynagrodzenia te są kosztem podatkowym z chwilą ich wypłaty lub postawienia do dyspozycji pracownika. Tym samym wynagrodzenie wypłacone zaliczkowo będzie stanowić dla pracodawcy koszt uzyskania przychodów w miesiącu, za który wynagrodzenie to jest należne.