Kontrole projektów unijnych prowadzone są na różnych płaszczyznach 

Podstawowym celem przeprowadzenia kontroli jest weryfikacja prawidłowości realizacji projektu zgodnie z umową o dofinansowanie oraz załączonym do niej wnioskiem o dotacje projektu.

Podczas przeprowadzania kontroli dokonuje się również sprawdzenia, czy informacje dotyczące postępu realizacji projektu oraz poniesione wydatki przedstawiane przez beneficjenta we wnioskach o płatność są zgodne:

• z wytycznymi w zakresie kwalifikowania wydatków w ramach danego programu operacyjnego,
• ze stanem rzeczywistym,
• z harmonogramem realizacji projektu,
• z harmonogramem płatności,
• z budżetem projektu. 

 W ramach jednej z najważniejszych weryfikacji zgodności prowadzenia projektu z wytycznymi programowymi odpowiednia jednostka kontrolująca sprawdza wnioski o płatność otrzymywane od beneficjentów. Zawierają one informacje na temat wydatków kwalifikowalnych poniesionych w ramach projektu wraz z opisem tzw. postępu rzeczowego.

Okres weryfikacji wniosku o płatność wynosi maksymalnie 20 dni roboczych (termin ten dotyczy pierwszej wersji wniosku złożonej przez beneficjenta, natomiast kolejne podlegają sprawdzeniu w terminie do 15 dni roboczych od daty ich otrzymania). Kontrola każdej wersji wniosku o płatność powinna zostać udokumentowana w formie listy kontrolnej. Kontrola dokumentacji projektu dotyczy jego zagadnień formalno-rachunkowych i merytorycznych. Jest  dokonywana przez opiekuna projektu, czyli pracownika właściwej instytucji. Sprawdzony wniosek następnie musi zostać zaakceptowany przez przełożonego opiekuna projektu. Do zatwierdzonego wniosku o płatność sporządzana jest informacja o wynikach weryfikacji. Przy czym musi ona być wykonana w dwóch egzemplarzach. Jeden z nich jest przekazywany beneficjentowi, a drugi jest archiwizowany w siedzibie IP lub IP2 .

Podmioty korzystające z unijnej pomocy muszą się także liczyć z tzw. kontrolą na miejscu projektu. Jest ona przeprowadzana w siedzibie beneficjenta oraz w miejscu realizacji projektu (wizyta monitoringowa).   Ta pierwsza ma na celu weryfikację zgodności realizacji projektu z jego założeniami. W jej trakcie sprawdza się w szczególności:

• prawidłowość rozliczeń finansowych, sposób rekrutacji uczestników do projektu, kontrolę kwalifikowalności beneficjentów ostatecznych do projektu, sposób pozyskiwania, przechowywania i przetwarzania danych o uczestnikach projektu, poprawność dokumentacji dotyczącej personelu projektu, poprawność udzielania zamówień publicznych, tj. prawidłowość stosowania ustawy Prawo zamówień publicznych, poprawność stosowania zasady konkurencyjności,
• poprawność udokumentowania rozeznania rynku, poprawność udzielania pomocy publicznej/pomocy de minimis, prawidłowość realizacji działań informacyjno-promocyjnych, zapewnienie właściwej ścieżki audytu, sposób prowadzenia i archiwizacji dokumentacji projektu,kontrolę wdrożenia zaleceń pokontrolnych z kontroli projektu przeprowadzonej uprzednio przez IP.

Natomiast celem wizyty monitoringowej jest weryfikacja rzeczywistej realizacji projektu oraz faktycznego postępu rzeczowego projektu (np. w miejscu szkolenia, stażu, konferencji). Jest ona przeprowadzana w miarę możliwości bez zapowiedzi. Zakres wizyty monitoringowej powinien umożliwiać ocenę jakości i prawidłowości realizowanej inwestycji.

Podmioty korzystające z funduszy europejskich mogą się także spodziewać  kontroli na zakończenie realizacji projektu.  Jest ona przeprowadzana obligatoryjnie po złożeniu przez beneficjenta wniosku o płatność końcową. Przy czym polega nie tylko na weryfikacji tego wniosku, ale także na sprawdzeniu kompletności i prawidłowości dokumentacji związanej z realizacją projektu, która jest dostępna w siedzibie kontrolującego. Przeprowadzenie weryfikacji jest dokumentowane za pomocą specjalnej listy.

To jednak nie wszystkie rodzaje kontroli, na które beneficjenci muszą się przygotować. Zakończenie realizacji projektu i jego rozliczenie nie wyklucza możliwości  sprawdzenia wydatków niekwalifikowalnych oraz prowadzenia procedur związanych z ich odzyskiwaniem. Kontrole po zakończeniu dotyczą trwałości operacji i/lub rezultatu, które są prowadzone na próbie projektów wyłonionych do kontroli w danym roku kalendarzowym.